A mozifilm a Pikachu kisfilmmel (Pikachu's Summer Vacation) kezdődik. 
Ezután kezdődik a történet.

Az emberiséget már régóta foglalkoztatja az élet értelme. Egy igen ritka fajt, Mew-t keresnek a kutatók, aki már kihaltnak számít. Végül rábukkanak egy szőrszálára, amiből létrehozzák a legerősebb Pokémont, Mewtwo-t. 
Mewtwo felébred és kitör az üvegből. A tudósok elmagyarázzák neki, hogy ő nem csupán egy Pokémon, hanem a legnagyobb erővel rendelkező is és arra teremtették, hogy őket szolgálja. Ez nagy hiba volt, mert Mewtwo-nak esze ágában se volt engedelmeskedni nekik. Az egész kutazóállomást felrobbantja, a lángok között megjelenik Giovanni ( a Rakéta Csapat vezetője). Felajánla Mewtwo-nak, hogy segít az energiáját kordában tartani és fejleszteni, Mewtwo belemegy. 
Egy szerkezetet szerelnek rá, és edzenek vele, gyakran elő is fordult, hogy a Zöldellő városi edzőterem látogatóinak vele kellett megküzdeniük. Mewtwo megunta Giovanni aparncsait és elszökött, egy daját szigetet épített. 
Ash eközben nem messze volt, Misty-vel éppen veszekedtek, amikor kihívást kapott. Erre persze azonnal felugrott az asztaltól. Harc közben csendül fel az első főcímdal, megjelenítve a közreműködők nevét
Ash megnyeri a csatát, mint mindig, de nem számol vele, hogy valaki figyeli őket. 
Egy női hang Mewtwo-tól megkérdezi, hogy küldejenek-e nekik meghívót. Mewtwo meleegyezik.
Egy Dragonite száll le Ash-éknél egy levéllel, miközben minden felborít. Az üzenet egy küzdelemről szól, amire őgy gondolják, érdemes lenne elmenni.
Hajóra kell szálniuk, hogy elérjék a szigetet, ahol Mewtwo tartózkodik. Mewtwo egy laza kézfordulattal vihart kavar, ami megakadályozza, hogy a trénerek elérjék a küzőtermet. A falon egy plakát hívja fel a figyelmet, hogy Joy nővér eltűnt. Az állomáson több százan vannak és mindenki a Pokémonjával nekivág a tengernek, Jenny őrmester hiába fenyegeti meg őket letartóztatással. Ash-t és barátait a vikingnek álcázott Rakéta Csapat akarja átvinni, de a tutaj ripityára törik.
Mysty előhívja Staryu-t, aki segít ASh-nek és Brock-nak a felszínre jutni. Elérik a szigetet. Egy ismeretlen nő vezeti őket az épületbe. Csak három tréner érkezett meg.
A nő bemutatja Mewtwo-t. Először elengedi az ismeretlen embert, akiről kiderül, hogy az eltűnt Joy nvér. A Rakéta Csapat is sikeresen eljut ide és egy sötét terembe tévednek. A teremben egy kép van és egy csomő kémcső, bennük Pokémonok. Jessie véletlenül ráül egy kapcsolóra. A szobában megmozdul egy szerkezet és beszívja Meowth-t, és kitép belőle egy szőrszálat. A rengeteg cső egyikébe egy klón-Meowth kerül. Megjelenik Mew is.
Eközben Mewtwo beszámol a tervéről: elpusztítja az embereket és az idecsalt emberek Pokémonjainak klónjait elkészíti, utána a Pokémonokat is elpusztítja. A trénerek egtámadják, de mindhiába. Mewtwo egy 3-3 csatát indít, ő a klón-Venosaur-ral, klón-Blastoize-zal és a klón-Charizard-al lesz. Az első egy Venosaur vs klón-Venosaur harc lesz, de az igazi Venosaur veszít. Utána a Blastoize-ok mérik össze erejüket, de ismét a klón győz. Ash harmadjára beveti az ő Charizard-ját, de ős is veszít.
Furcsa lebegő labdák jelennek meg, akik összegyűjtik a Pokémonokat a klónozáshoz. A Pokémon-lédszám egyre csak fogy, de ahogy köztudott, Pikachu a világért se menne bele egy labdába se, így eszeveszetten menekül. Ash megpróbál segíteni neki, de végül Pikachu-t is elkapják. A labdák abba a terembe mennek, ahol a Rakéta csapat tartózkodik. Ash se hagyja Pikachu-t, végül az összes Pokémon kiszabadul a labdájából és visszamennek a küzdőtérre. A klónok is elkészültek, ők is megjelennek velük szemben. Elkezdődik az igazi vs klón csata!
Ash meg akarja mindezt akadályozni. Feltűnik Mew is. Mewtwo kegyetlenül megtámadja. A Pokémonok az utolsó csepp vérükig harcolnak, Pikachu-nak is megklesz a klón párja. Meowth-nál is feltűnik a nemrég klónozott ellenfele.
A klón-Meowth nem akar harcolni, amit Meowth nem ért. A klón-Meowth elmagyarázza neki, hogy nem azt kéne názni, miben különbözünk, hanem azt, hogy miben hasonlítunk. Egy földön járnak a Pokémonok és klónok egyaránt, egyformán örülnek és egyformán sírnak. Meowth megjegyzi, hogy bár az emberek is ilyenek lennének. Ash úgy érzi, minden Pokémonnak meg kéne tagadnia a harcot, mint Pikachu-nak, akit a klón-Pikachu hiába püfföl, nem harcol. Mew és Mewtwo a végső csapásra készülnek, egy hatalmas támadást indítanak el egymás felé, de Ash nem akarja engedni, és közéjük rohan, ezt kiáltva:
-AZONNAL HAGYJÁTOK ABBA!!!!!!
Ez mit sem használ, Mewtwo és Mew támadást indítanak, ami Ash-be csapódik. Hatalmas fényáradat kíséretében Ash a földre rogy és meghal. Pikachu nem akarja elhinni és villámcsapással szeretné újraéleszteni. Addig próbálkozik, amíg el nem fogy az ereje, de Ash nem ébred fel. Mindegyik Pokémon elkezd sírni, már nem érdekli őket a harc. A Pokémonok könnye Ash-re esik, aki csoda folytán újraéled.
Mewtwo ezen elgondolkozik és már nem tervez a világ ellen semmit. A klónokkal felemelkedik és elmenni készül. Azt mondja, nem fogja soha elfelejteni ezt a napot, de örülne, ha mindenki más kitörölné az emlékezetéből. A klónokkal valami békés helyen szeretne élni. Azt is megígéri, hogy visszajuttatja őket a kikötőbe.
Újra a kikötő a helyszín, a vihar még mindig dúl. "Váratlanul" megjelenik Joy nővér, aki azt tanácsolja, hogy a Pokémon Központban a legcélszerűbb menedékhelyet keresni. Senki sem érti, hogy tért vissza. Minden jó, ha a vége jó, sh, Brock és Misty újra úton vannak. Az ég ias kezd kitisztulni.
A Rakéta Csapat is megúszta a kalandot. The End! 

Letöltés magyarul