A mozifilm a Pikachu kisfilmmel (Pikachu's Summer Vacation) kezd�dik. 
Ezut�n kezd�dik a t�rt�net.

Az emberis�get m�r r�g�ta foglalkoztatja az �let �rtelme. Egy igen ritka fajt, Mew-t keresnek a kutat�k, aki m�r kihaltnak sz�m�t. V�g�l r�bukkanak egy sz�rsz�l�ra, amib�l l�trehozz�k a leger�sebb Pok�mont, Mewtwo-t. 
Mewtwo fel�bred �s kit�r az �vegb�l. A tud�sok elmagyar�zz�k neki, hogy � nem csup�n egy Pok�mon, hanem a legnagyobb er�vel rendelkez� is �s arra teremtett�k, hogy �ket szolg�lja. Ez nagy hiba volt, mert Mewtwo-nak esze �g�ban se volt engedelmeskedni nekik. Az eg�sz kutaz��llom�st felrobbantja, a l�ngok k�z�tt megjelenik Giovanni ( a Rak�ta Csapat vezet�je). Felaj�nla Mewtwo-nak, hogy seg�t az energi�j�t kord�ban tartani �s fejleszteni, Mewtwo belemegy. 
Egy szerkezetet szerelnek r�, �s edzenek vele, gyakran el� is fordult, hogy a Z�ldell� v�rosi edz�terem l�togat�inak vele kellett megk�zdeni�k. Mewtwo megunta Giovanni aparncsait �s elsz�k�tt, egy daj�t szigetet �p�tett. 
Ash ek�zben nem messze volt, Misty-vel �ppen veszekedtek, amikor kih�v�st kapott. Erre persze azonnal felugrott az asztalt�l. Harc k�zben csend�l fel az els� f�c�mdal, megjelen�tve a k�zrem�k�d�k nev�t
Ash megnyeri a csat�t, mint mindig, de nem sz�mol vele, hogy valaki figyeli �ket. 
Egy n�i hang Mewtwo-t�l megk�rdezi, hogy k�ldejenek-e nekik megh�v�t. Mewtwo meleegyezik.
Egy Dragonite sz�ll le Ash-�kn�l egy lev�llel, mik�zben minden felbor�t. Az �zenet egy k�zdelemr�l sz�l, amire �gy gondolj�k, �rdemes lenne elmenni.
Haj�ra kell sz�lniuk, hogy el�rj�k a szigetet, ahol Mewtwo tart�zkodik. Mewtwo egy laza k�zfordulattal vihart kavar, ami megakad�lyozza, hogy a tr�nerek el�rj�k a k�z�termet. A falon egy plak�t h�vja fel a figyelmet, hogy Joy n�v�r elt�nt. Az �llom�son t�bb sz�zan vannak �s mindenki a Pok�monj�val nekiv�g a tengernek, Jenny �rmester hi�ba fenyegeti meg �ket letart�ztat�ssal. Ash-t �s bar�tait a vikingnek �lc�zott Rak�ta Csapat akarja �tvinni, de a tutaj ripity�ra t�rik.
Mysty el�h�vja Staryu-t, aki seg�t ASh-nek �s Brock-nak a felsz�nre jutni. El�rik a szigetet. Egy ismeretlen n� vezeti �ket az �p�letbe. Csak h�rom tr�ner �rkezett meg.
A n� bemutatja Mewtwo-t. El�sz�r elengedi az ismeretlen embert, akir�l kider�l, hogy az elt�nt Joy nv�r. A Rak�ta Csapat is sikeresen eljut ide �s egy s�t�t terembe t�vednek. A teremben egy k�p van �s egy csom� k�mcs�, benn�k Pok�monok. Jessie v�letlen�l r��l egy kapcsol�ra. A szob�ban megmozdul egy szerkezet �s besz�vja Meowth-t, �s kit�p bel�le egy sz�rsz�lat. A rengeteg cs� egyik�be egy kl�n-Meowth ker�l. Megjelenik Mew is.
Ek�zben Mewtwo besz�mol a terv�r�l: elpuszt�tja az embereket �s az idecsalt emberek Pok�monjainak kl�njait elk�sz�ti, ut�na a Pok�monokat is elpuszt�tja. A tr�nerek egt�madj�k, de mindhi�ba. Mewtwo egy 3-3 csat�t ind�t, � a kl�n-Venosaur-ral, kl�n-Blastoize-zal �s a kl�n-Charizard-al lesz. Az els� egy Venosaur vs kl�n-Venosaur harc lesz, de az igazi Venosaur vesz�t. Ut�na a Blastoize-ok m�rik �ssze erej�ket, de ism�t a kl�n gy�z. Ash harmadj�ra beveti az � Charizard-j�t, de �s is vesz�t.
Furcsa lebeg� labd�k jelennek meg, akik �sszegy�jtik a Pok�monokat a kl�noz�shoz. A Pok�mon-l�dsz�m egyre csak fogy, de ahogy k�ztudott, Pikachu a vil�g�rt se menne bele egy labd�ba se, �gy eszeveszetten menek�l. Ash megpr�b�l seg�teni neki, de v�g�l Pikachu-t is elkapj�k. A labd�k abba a terembe mennek, ahol a Rak�ta csapat tart�zkodik. Ash se hagyja Pikachu-t, v�g�l az �sszes Pok�mon kiszabadul a labd�j�b�l �s visszamennek a k�zd�t�rre. A kl�nok is elk�sz�ltek, �k is megjelennek vel�k szemben. Elkezd�dik az igazi vs kl�n csata!
Ash meg akarja mindezt akad�lyozni. Felt�nik Mew is. Mewtwo kegyetlen�l megt�madja. A Pok�monok az utols� csepp v�r�kig harcolnak, Pikachu-nak is megklesz a kl�n p�rja. Meowth-n�l is felt�nik a nemr�g kl�nozott ellenfele.
A kl�n-Meowth nem akar harcolni, amit Meowth nem �rt. A kl�n-Meowth elmagyar�zza neki, hogy nem azt k�ne n�zni, miben k�l�nb�z�nk, hanem azt, hogy miben hasonl�tunk. Egy f�ld�n j�rnak a Pok�monok �s kl�nok egyar�nt, egyform�n �r�lnek �s egyform�n s�rnak. Meowth megjegyzi, hogy b�r az emberek is ilyenek lenn�nek. Ash �gy �rzi, minden Pok�monnak meg k�ne tagadnia a harcot, mint Pikachu-nak, akit a kl�n-Pikachu hi�ba p�ff�l, nem harcol. Mew �s Mewtwo a v�gs� csap�sra k�sz�lnek, egy hatalmas t�mad�st ind�tanak el egym�s fel�, de Ash nem akarja engedni, �s k�z�j�k rohan, ezt ki�ltva:
-AZONNAL HAGYJ�TOK ABBA!!!!!!
Ez mit sem haszn�l, Mewtwo �s Mew t�mad�st ind�tanak, ami Ash-be csap�dik. Hatalmas f�ny�radat k�s�ret�ben Ash a f�ldre rogy �s meghal. Pikachu nem akarja elhinni �s vill�mcsap�ssal szeretn� �jra�leszteni. Addig pr�b�lkozik, am�g el nem fogy az ereje, de Ash nem �bred fel. Mindegyik Pok�mon elkezd s�rni, m�r nem �rdekli �ket a harc. A Pok�monok k�nnye Ash-re esik, aki csoda folyt�n �jra�led.
Mewtwo ezen elgondolkozik �s m�r nem tervez a vil�g ellen semmit. A kl�nokkal felemelkedik �s elmenni k�sz�l. Azt mondja, nem fogja soha elfelejteni ezt a napot, de �r�lne, ha mindenki m�s kit�r�ln� az eml�kezet�b�l. A kl�nokkal valami b�k�s helyen szeretne �lni. Azt is meg�g�ri, hogy visszajuttatja �ket a kik�t�be.
�jra a kik�t� a helysz�n, a vihar m�g mindig d�l. "V�ratlanul" megjelenik Joy n�v�r, aki azt tan�csolja, hogy a Pok�mon K�zpontban a legc�lszer�bb mened�khelyet keresni. Senki sem �rti, hogy t�rt vissza. Minden j�, ha a v�ge j�, sh, Brock �s Misty �jra �ton vannak. Az �g ias kezd kitisztulni.
A Rak�ta Csapat is meg�szta a kalandot. The End! 

Let�lt�s magyarul